Nel corso del Quaternario, che negli ultimi due milioni di anni di storia naturale del pianeta ha visto succedersi ben quattro grandi eventi di espansione glaciale, il Monte Baldo ha svolto il ruolo di massiccio di rifugio della flora alpina. Collocata al margine meridionale del sistema alpino orientale, la dorsale calcarea del Monte Baldo ha dunque accolto le centinaia di specie floristiche sospinte verso la Pianura Padana dall’avanzata dei ghiacciai. La ragione primaria della sua ricchezza floristica, che si coniuga con i suoi particolari caratteri altimetrici, geologici e morfologici, è dunque identificabile con questo fenomeno di elevata concentrazione di fitodiversità. A questo si sono quindi sommati gli eventi di migrazione floristica indotti dalle oscillazioni climatiche postglaciali, verificatesi negli ultimi 15.000 anni, con l’ingresso nella stessa Pianura Padana e la risalita sui rilievi prealpini, di contingenti floristici d’origine steppica, mediterranea, alpina e così via.
Se tuttavia al dato costituito della concentrazione di specie in un limitato ambito geografico si somma quello del prolungato isolamento delle stesse o di alcune di esse, dagli areali originali, si può facilmente comprendere un fenomeno ulteriore, ovvero quello della speciazione. La storia naturale recente del Baldo ha dunque fatto di questo monte un rifugio estremo di piante e, contestualmente, una “fucina” di produzione di specie nuove; derivate da specie preesistenti mediante mutazione e diversificazioni ecologica.
Un semplice elenco di rarità e di specie esclusive, ovvero endemiche del Baldo e delle Alpi orientali, risulterebbe assai impegnativo. Numerose sono infatti le piante che fanno di questa montagna un esempio unico di fitodiversità in ambito continentale. E’ tuttavia sufficiente citare alcune specie per dare la percezione della sua straordinaria importanza botanica. Tra le rarità figurano la felce polipodio meridionale; le orchidacee trecce di dama, godiera, pianella della Madonna e ofride di Beroloni; le thymeleacee dafne alpina e dafne laurella; le cistacee cisto a foglie sessili; le scrophulariacee verbasco porporino e veronica pallida, quest’ultima rarissima; la composita fiordaliso maggiore, ritrovata nel 1991 dal botanico Filippo Prosser del Museo di Storia Naturale di Rovereto, dopo quasi quattro secoli dalla segnalazione del 1595; la crassulacea semprevivo irto; la cariophyllacea cotronella fior di Giove; la liliacea cipollaccio minore, ritrovata sul Baldo dal botanico Filippo prosser nel 1992; la crucifera alisso di Obir, la leguminosa astralago depresso e la cyperacea pennacchi di Scheuchzer.
Tra gli endemismi figurano invece la campanulacea campanula del Monte Baldo, endemismo delle Prealpi bresciane e veronesi; la cyperacea carice del Baldo; le ranuncolacee ranuncolo di Kerner, endemismo del Baldo e aquilegia di Einsele, endemismo delle Alpi orientali; la sassifragacea sassofraga gialla, endemismo delle Prealpi calcaree; la geraniacea geranio argenteo, endemismo delle Prealpi calcaree; la primulacea primula meravigliosa, endemismo delle Prealpi calcaree e la leguminosa vulneraria del Baldo.